El edificio del Archivo de Indias fue, en su origen, Lonja de Mercaderes, el lugar donde los comerciantes hacían negocios con las mercancías traídas de las Indias.
Con el paso del tiempo, el edificio se convirtió en Archivo General de Indias. Esta es su historia muy resumida.
Durante el reinado de Carlos III se atacó duramente la labor de España en América, a través de las obras del abad Raynal (1770) y del escocés Robertson (1772).
La réplica por parte de la Corona española se inició con el encargo a Juan Bautista Muñoz, cosmógrafo mayor de Indias, del reconocimientos de archivos y la formación de una colección de documentos para la historia de las Indias.
Su trabajo se encuentra reunido en copias y extractos de documentos que se conservan en la Academia de la Historia con el nombre de Colección Muñoz. Después de múltiples peripecias el sitio elegido para albergar los documentos referentes a América será la Casa Lonja de Sevilla que, a partir del 1785, convertirá su planta alta en Archivo General de Indias.
Las obras de adaptación del edificio se deben esencialmente al arquitecto Lucas Cintora destacando de manera especial la mejora y renovación de la escalera de acceso al primer piso, la supresión de los tabiques internos de la planta superior, y el enlosado de la misma, juntamente con el zócalo de estanterías con mármol y jaspe traídos desde Málaga.
Las estanterías fueron realizadas por Blas Molner y Zamora, director de la Academia de Nobles Artes de Sevilla, en la clase de Escultura, siguiendo los dictados de Alonso de Villanueva arquitecto de la corte. El material empleado para su construcción fue la madera de caoba y el cedro macho, llegadas de la isla de Cuba.
