La Capilla de San José, pese a sus reducidas proporciones, es uno de los espacios mas saturados de ornamentación barroca de la ciudad. No nos debe extrañar el gran despliegue de retablos de fantástica decoración si tenemos en cuenta que la capilla perteneció al gremio de carpinteros.
Fue comenzada por el Maestro Pedro Romero en 1699 aunque no se finaliza su construcción hasta 1766 aproximadamente, año en el que quedaron concluídas las portadas exteriores.
Las dos portadas también son interesantes, presentando la típica superposición barroca de materiales. La imagen de San José que preside la principal se realizó según un diseño de Lucas Valdés de 1716. La portada lateral se remata con un relieve de las Bodas de la Virgen y San José.
La iglesia vió mermado su patrimonio con el incendio de 1931, donde se perdieron esculturas y pinturas del siglo XVII, órganos, canceles, y demás piezas de valor.